En 1115, les bourgeois de Pontorson achètent un fonds de terre de 40 hectares pour d’y établir un hôpital au bord du Couesnon. Par lettres patentes d’août 1353, le roi Jean II 
, dit Jean Le Bon, confirme l’établissement et accorde aux bourgeois de Pontorson la qualité de patrons fondateurs et présentateurs du prieur chapelain de l’hôpital. Il relève alors pour le spirituel de l’évêque de Dol-de-Bretagne et pour le temporel de la Normandie.
Sous l’ancien régime, on envoie l’excédent des prisonniers de la Bastille à l’hôpital de Pontorson, en faisant ainsi une sorte d’oubliette. À partir de 1644, sur recommandation d’Anne d’Autriche , la reine régente, et sur l’invitation spéciale du roi son fils, la gestion de l’hôpital revient aux frères de Saint-Jean de Dieu.
Quand les prisonniers d’État cessent d’être une ressource pour l’hôpital, naît le projet de recevoir davantage d’aliénés. À cette époque, leur travail est considéré comme un moyen thérapeutique. C’est aussi une source de revenus pour l’hôpital. Des constructions nouvelles sont alors envisagées avec des préaux ouvrant sur de beaux jardins. On remplace les cachots par des dortoirs, on crée des douches. Une ferme modèle exploite une partie des 40 hectares avec 50 vaches ou bêtes de trait, une porcherie et une basse-cour.
En 1855, ils sont 300 aliénés, employés à toutes sortes d’activités (travaux agricoles, bourrellerie, menuiserie, confection de chaussures). Les sœurs de la Sagesse de Saint-Laurent-sur-Seine sont alors à la tête de l’institution, jusqu’en 1809.
Dès 1819, l’asile de Pontorson est en mesure de satisfaire à tous les besoins du département pour héberger les aliénés et traite plusieurs fois avec le préfet de la Manche, mais il faut de longues négociations pour en faire un asile public.
Le bâtiment le plus ancien encore présent est la chapelle datant du 18e siècle. Il y a encore son ancien cimetière qui est visible sur la D997, juste au niveau du croisement avec la D4 (Pleine-Fougère/Combourg).
Depuis 1991, l’établissement est entré dans une politique de restructuration insistant sur la liberté du malade.
Depuis 2016, avec les Centres Hospitaliers d’Avranches-Granville , de Saint-Hilaire-du-Harcouët , de Mortain , de Saint-James et de Villedieu , il fait partie du groupe hospitalier Mont Saint-Michel (GHT).
Vous reconnaîtrez qu’il s’agit du Centre Hospitalier de l’Estran .